Първо действие
По пътя към дома Идоменей обещава на Посейдон да принесе в жертва първото живо същество, което срещне, ако богът спаси него и хората му ("Pietà! Numi pietà"). По време на същата тази буря синът му Идаманте е спасил Илиа – дъщерята на цар Приам и пленниците от Троя, които баща му е изпратил в Крит. Той не само спасява девойката, но и се влюбва в нея. Тя също го харесва, но не може да реши кое е по-важно за нея – честта ѝ на троянка или любовта ѝ към врага на народа ѝ. За да засвидетелства искрените си чувства към нея Идаманте нарежда пленените ѝ сънародници да бъдат освободени. Но в Идаманте е влюбена и Електра, която е избягала на Крит. Приятелят на Идоменей Арбаче, който е и настойник на сина му, притеснен съобщава, че е пристигнала тъжна вест. По време на страшната буря корабите на Идоменей са потопени и царят е загинал. Електра е отчаяна, защото разбира, че мечтата ѝ за брак с Идаманте не може да се осъществи без Идоменей ("Tutte nel cor vi sento"). Всички се отправят към брега, за да присъстват на неравната битка между хората и морската стихия. След като дава обета си на бога на морето царят е изхвърлен на брега ("Vedrommi intorno"). Първият човек, когото среща е млад момък. Той не може да познае порасналия си син. Когато разбира кого първи е срещнал, вместо радост той яростно отблъсква момчето и му забранява да се явява пред него. Идаманте не може да разбере с какво е предизвикал този гняв.
Второ действие
За да избегне изпълнението на дадения обет по съвет на Арбаче Идоменей нарежда на сина си да придружи Електра до Аргос и да ѝ помогне да си върне загубения престол. Идаманте е огорчен, защото така ще трябва да се раздели с Илиа. Царят нарежда да доведат Илиа. Той харесва младата троянка, но при тази среща тя му казва, че вижда в негово лице свой баща ("Se il padre perdei"). Идоменей разбира, че девойката е влюбена в сина му и се чувства още по-нещастен ("Fuor del mar, ho un mar in seno")... От цялата ситуация най-доволна е Електра, която се надява по време на дългото пътуване да спечели сърцето на царския син ("Idol mio, se ritroso"). Но малко преди корабът да отплува започва страшна буря и от морските дълбини се явява ужасяващо чудовище ("Qual nuovo terrore"). Идоменей признава, че той е разгневил Посейдон, тъй като не е изпълнил дадено обещание. Само че той не може да убие невинен човек, още повече своя син, и за да го омилостиви, той решава да се принесе в жертва.
Трето действие
Илиа не може повече да крие любовта си към Идаманте ("Zeffiretti lusinghieri"). Заварва го спящ, което улеснява признанието. Щом се събужда младежът ѝ признава, че е решил, преди да отпътува, да убие морското чудовище. Двамата се сбогуват ("S’io non moro a questi accenti"). Нежната любовна сцена е прекъсната от Идоменей и Електра, които настояват да отплават за Аргос ("Andrò, ramingo e solo"). Отново носител на лошата вест е Арбаче. Народът на Крит иска да се срещне със своя цар. Идоменей признава какво е обещал на Посейдон. Всички отправят гореща молба за милост. В този миг идва Идаманте, който е победил чудовището и ужасен разбира жестоката истина. Той веднага е готов да умре, за да спаси родния край от гнева на бога. Илиа също е готова да се жертва заедно с любимия си. Трогнат от силата на любовта на двамата млади, чрез оракула си, Посейдон нарежда: Любовта победи. Идоменей трябва да отстъпи престола си на Идаманте, който ще се ожени за Илиа. Идоменей нито миг не се колебае и с радост се подчинява ("Torna la pace al core"). Разбирайки че губи всичко, Електра се самоубива ("D’Oreste e d’Aiace/ Ho in seno i tormenti"). Народът слави новите си владетели ("Scenda amor, scenda Imeneo").
