Bulgaristan’da bir Başmüftülük kurumunun kuruluşuna daha 1895 tarihinde Bulgaristan Prensliği döneminde çıkarılan Müslümanların Dini İdarelerine Dair Geçici Talimâtnâme’de yer verildi. Bu Talimâtnâme’de, Başmüftü, sancak müftüleri ve müftü vekillerinden oluşan bir dini örgütlenme öngörülüyordu. Ancak Başmüftülük makamı bir türlü kurulamadı ve sadece kağıt üzerinde kaldı.

Sofya’da bir Başmüftülük kurulması meselesi, 1907’de tekrar gündeme geldi. Bunun için İstanbul’da bir komisyon kuruldu. Bulgaristan Dışişleri ve Mezhepler Bakanı Geşov, Dışişleri Baş Katibi Dimitrov’u İstanbul’a gönderdi. Dimitrov, Başmüftülük meselesini dile getirerek, Bulgar Kilisesi’nin Fener Rum Patrikhanesi’nden ayrılması örneğinde olduğu gibi, Bulgaristan’daki Müslümanlar için de ayrı bir şer’i işler merkezinin meydana getirilebileceğini bildirdiyse de, bu konuda herhangi bir karara varılamadı.

Bulgaristan’ın bağımsızlığını ilan etmesinden sonra Osmanlı devleti ile Bulgaristan Prensliği arasında imzalanan 19 Nisan 1909 tarihli İstanbul Protokolü ile birlikte Bulgaristan’daki Müslümanlara geniş haklar tanıyan Müftüler Sözleşmesi de yapıldı. Müftüler sözleşmesinin birinci maddesinde, Bulgaristan’da Başmüftü, müftüler ve müftü vekillerinden oluşan bir dini örgütlenme kabul edildi. Fakat Başmüftü ve müftülerin seçimlerinin ne zaman yapılacağı konusunda açık bir hükme yer verilmedi. Ancak sözleşmenin vakıflarla ilgili sekizinci maddesinde, mukavelenin imzalanmasından itibaren altı ay içinde Bulgar hükümeti tarafından Başmüftünün de dahil olacağı özel bir komisyon kurulması öngörülüyordu. Bu maddeye göre Başmüftünün de, altı ay içinde oluşturulması öngörülen komisyon kurulmadan önce seçilmiş olması gerekiyordu.

Bu nedenle Osmanlı devletinin Sofya elçiliği, Osmanlı hükümetinden aldığı talimatlar doğrultsunda, Bulgar hükümeti nezdinde teşebbüse geçerek, Başmüftünün bir an önce seçilmesini istedi. Bulgar hükümeti, bu dönemde Sofya müftüsü olarak görevde bulunan Hocazade Mehmed Muhyiddin Efendi’yi Başmüftü seçtirmek istiyordu. Sofya Osmanlı elçisi Asım Bey ise, Muhyiddin Efendi’nin Başmüftü seçilmesine şiddetle karşı çıkıyordu. Nitekim Bâbıâlî’ye gönderdiği bir yazısında, böyle bir seçimin Bulgaristan’daki Müslüman halkın şimdiye kadar elde ettikleri bütün kazanımların kaybedilmesine sebep olacağını ileri sürerek, buna meydan vermemek ve daha sonra iki devlet arasında çıkması muhtemel bir takım anlaşmazlıkları önlemek için, Muhyiddin Efendi’ye hiçbir şekilde menşur verilmeyeceğinin İstanbul’daki Bulgar elçisine anlatılması gerektiğini bildirdi. Menşur İstanbul’daki Meşihat makamının Bulgaristan’daki müftülerin resmen göreve başlayabilmesi için gerekli olan önemli bir belgeydi. Asım Bey’in yukarıda bahsedilen teklifi üzerine Bulgaristan Dışişleri Bakanı da, 23 Kasım 1909 tarihinde İstanbul’daki elçisine bir talimatname yazarak, Bâbıâlî ile fikir alışverişinde bulunulmasını ve Başmüftülük için istenilen vasıflara sahip bir adayın tespit edilerek bildirilmesini istedi.

İstanbul’daki Bulgaristan elçisi, Bâbıâlî ile temasa geçerek Başmüftü adayının Bâbıâlî tarafından belirlenmesinin Bulgar hükümetinin seçimini kolaylaştıracağını bildirdi. Fakat elçinin bu konudaki ısrarı Bâbıâlî çevrelerini endişeye sevk etti. Başmüftü adayının Osmanlı hükümeti tarafından belirlenmesi fevkalade tehlikeli ve sakıncalı bulundu. Bu yolun doğru olmadığı ve mahzurlu olduğu, çünkü bu şekilde gelecekte vuku bulacak Ekzarh seçiminde de, Bulgar hükümetinin bir müdahale hakkı elde etmiş olacağı ileri sürüldü. Bu yüzden Bâbıâlî, Bulgaristan’da Başmüftü seçimine doğrudan müdahale etmekten kaçındı. Bu konuda antlaşmalardan doğan yükümlülüklerini yerine getirmesi için Bulgar hükümetine diplomatik yollardan baskı uygulamayı daha uygun buldu.

Osmanlı hükümeti, İstanbul sözleşmesinin birinci maddesi gereğince, seçilmesi gereken Başmüftünün henüz seçilmemiş olmasının Bulgaristan’daki Müslümanların dinî işlerinin aksamasına ve İslâm vakıflarının da büyük zarara uğramasına sebep olduğundan ve Başmüftünün en geç altı ay içinde seçilmiş olması gerektiğinden bahisle, hem Başmüftünün seçilmesi hem de dolayısıyla diğer müftülerin kurallara uygun olarak seçilmelerinin sağlanması ve müftülerin keyfi olarak görevden uzaklaştırılmalarının önlenmesi üzerinde ısrar etti.

Bununla birlikte Osmanlı devletinin Sofya elçisi Asım Bey, Bulgaristan’daki müftülerin Başmüftülük görevini yerine getirmek için gerekli şartlara sahip olmadığı kanaatindeydi. Asım Beye göre, sözleşme hükümlerine uyularak Bulgaristan’daki müftülerden birinin Başmüftülüğe seçilmesinin gerek Bulgar hükümeti, gerekse Bâbıâlî için zararlı ve sakıncalı sonuçlar doğuracaktı. Bu nedenle Bulgaristan’da doğmuş olup Osmanlı devletine göç etmiş, Osmanlı mektep ve medreselerinde eğitim görmüş, Meşihat’ta veya Osmanlı vilayetlerinde yüksek görevlerde bulunmuş tecrübeli ve iş bilen birinin seçilmesi gerektiğini Bulgaristan Dışişleri Bakanlığına bildirdi.

Bulgaristan elçisi Sarafov ise, Bulgar Ekzarhının tüm Bulgar Metropolitler arasından ve bu Metropolitler tarafından seçilmesinin Bâbıâlî tarafından kabul edilmesi halinde, Bulgar hükümetinin de Başmüftü olarak bir Osmanlı vatandaşını tayin edebileceğini Osmanlı devlet adamlarıyla görüşmelerinde ifade etmekteydi. Nitekim Sarafov, Dışişleri Bakanı Rifat Paşa ile yaptığı bir görüşmede, Bulgar Ekzarhının Metropolitler tarafından seçilmesi konusunda iki hükümet arasında anlaşmaya varıldığı taktirde, Başmüftünün de Osmanlı ulemasından seçilebileceğini dile getirdi. Ancak Rifat Paşa bunun, Osmanlı devletinin gayr-i müslim tebaaya karşı uyguladığı politikaya ters düşeceğini ve bütün dengeleri sarsabileceğini belirtti. Bu yüzden Rifat Paşa, Osmanlı hükümetinin bu teklifi kabul edemeyeceğini, Başmüftünün Bulgaristan Çarlığı’ndaki müftüler arasından seçilmesinin daha uygun olabileceğini ifade ederek Başmüftünün bir an önce seçilmesini istedi.

Neticede Başmüftü sancak müftüleri arasından seçilecekti, dolayısıyla Başmüftü olmak isteyenlerin ilk önce sancak müftülüğü için adaylığını koymaları gerekiyordu. 25 Nisan 1910 tarihinde Bulgaristan Dışişleri ve Mezhepler Bakanlığının emriyle 12 sancak müftüsünü seçecek olan ikinci seçmenler belirlendi. Bu arada Plovdiv’deki Muradiye camii hatibi Hafız Hüseyin Bulgaristan’da doğmuş, İstanbul’da hukuk, Nüvvab ya da Darül-fünun bitirmiş olanların Başmüftü olabileceklerini bildirerek, bu gibi kişileri aday olmaya çağırdı. İkinci seçmenler, 9 Mayıs 1910’da gerçekleştirilen sancak müftü seçimlerinde toplam 12 sancak müftüsünü seçtiler. 

Sofya elçisi Asım Bey’e göre Bulgarlar, bu seçimlerde Şumen müftüsü seçildiği halde, aynı zamanda Sofya müftüsü olarak görev yapan Hocazade Mehmed Muhyiddin Efendi’nin Başmüftü seçilmesi için her yola başvuruyorlardı. Muhyiddin Efendi’nin, seçim hakkına sahip müftülerin en değerlilerini Bulgarlar’ın telkinleriyle reddettiğini ve bazı müftülüklerin lağvedilmesine sebep olduğunu, işlerini takip etmek isteyenlerin Meşihat makamına müracaat etmelerini engellediğini, bununla Bulgar hükümetinin güvenini kazandığını ve böylece Bulgaristan Dışişleri Bakanlığı’nın emriyle bir nevi Başmüftülük görevi yaptığını iddia ediliyordu. Ayrıca Hocazade Mehmed Muhyiddin Efendi Sofya müftüsü olarak görev yaptığı 6 sene içinde İslam vakıfların hukukunun korunması konusunda girişimde bulunmamakla ve İslam vakıflarını koruyamamakla ve hatta tamamen yok olmalarına sebebiyet vermekle suçlanıyordu.
8 Aralık 1910’da yapılan Başmüftü seçimi Hocazade Mehmed Muhyiddin Efendi’nin dışında Vidin sancak müftüsü Süleyman Rüşdi de aday oldu. Toplam 34 oy kullanıldığı seçimde, Sofya elçisi Asım Bey’in başından beri karşı çıktığı Hocazade Mehmed Muhyiddin Efendi’ye 25 oy ve Süleyman Rüşdi’ye de 9 oy verildiği anlaşıldı. Böylece Bulgaristan’daki Başmüftülük tarihinde ilk seçilmiş Başmüftü Hocazade Mehmed Muhyiddin Efendi oldu. Ancak mücadele bununla son bulmadı. Zira Hocazade’nin göreve resmen başlaması hiç de kolay olmadı ve zorlu bir süreçten geçildi.