Йорданка Чобанова официално оглави постоянното представителство на Европейската комисия в България. Последният пълноправен ръководител на тази позиция беше Огнян Златев, който заемаше поста до средата на 2019 г.

От 2016 до 2021 г. Чобанова е била посланик на България в Словакия. Преди това е заемала няколко ключови позиции у нас, включително съветник по европейските въпроси на президента Росен Плевнелиев и заместник-министър на регионалното развитие и благоустройството. Между 2021 и 2024 г. е работила като експерт в генерална дирекция „Морско дело и рибарство“ на ЕК.